制備色譜是以分離出純物質為目的的色譜系統，分析色譜是以分析出樣品組分信息為目的的色譜系統，基于目的不同，制備色譜相對于分析色譜有很多不同特征，不能簡單等同。

　　當我們在實驗室中想得到納克乃至毫克級的純物質時，稍微改裝下分析型色譜系統就能簡單輕松的完成，不過若所需制備的純品量很大，此時再用分析型色譜系統分離純化，可以預見這將是一場“災難”。

　　制備色譜常用的色譜模式有低壓、中壓、高壓三種，以應對不同類型和不同純度要求的樣品的分離，同時盡可能減少成本：

　　1.低壓：一般而言，低壓適合易分離化合物，但分離時間長很容易造成敏感化合物分解。

　　2.中壓：中壓一般采用恒流泵提供恒定的流動相流速，填料顆粒更小，分辨率更高，耐受更高壓力和更快流速，同時操作與低壓和Flash基本一致，而中壓玻璃層析柱，可以理想轉接到各類低壓和Flash系統，進一步節約儀器成本。

　　3.高壓：高壓通常在分離制備的后階段采用，應用于分離困難的樣品，純度甚至能達到99.9%。