多肽固相合成技術的發明同時促進了多肽合成的自動化。第一臺真正意義上的多肽合成儀出現在1980年代初期，它是利用氮氣鼓泡來對反應物進行攪拌，用計算機程序控制來實現有限度的自動合成。雖然在各項功能方面有著明顯的缺陷，但是它畢竟把人從實驗室里解放出來，極大地提高了工作效率。
隨著多肽科學的發展，科學家也對合成儀提出了更高的要求，從而帶動了合成儀的發展。
第一代多肽合成儀標志性特點是采用氮氣鼓泡的攪拌原理來對反應物進行攪拌，即合成儀上反應器是固定的，氮氣從反應器的下方通過反應器到上部排出，在這一過程中產生的汽泡把固相和液相混合起來。這樣設計的好處是結構簡單，成本低，但各項功能方面有著明顯的缺陷，目前采用氮氣鼓泡方式的第一代多肽合成儀已大部分退出了市場。
第二代多肽合成儀標志性特點是用不*性的機械攪拌來取代氮氣鼓泡，一般可分為接觸式攪拌與非接觸式攪拌兩種。接觸式攪拌常見的攪拌方式是伸入反應器內部的螺旋槳由上部的電機帶動進行快速旋轉，使反應器內部的固液兩相進行混合。但攪拌方式帶來的不利因素如清洗障礙，合成量低，反應死角等也不容忽視，目前大多數多肽合成儀生產廠商放棄了接觸式攪拌方法。
機械性非接觸式攪拌的主要原理是反應器在直立下圍繞原點作左右擺動，或者圓周運動。這種由反應器本身的運動而帶動里面固液兩相混合的方法克服了接觸式攪拌帶來的缺點，合成產量和純度也明顯好于用氮氣鼓泡的第一代合成儀。所以機械性非接觸式攪拌成為了多肽合成儀的主流。但是由于這種攪拌方法不能真正消除反應死角，所以科學家們并沒有滿足而停下他們追求的腳步。
第三代多肽合成儀其反應器轉動方式有別于前兩代的多肽合成儀，即反應器上方相對固定，而下方作圓周360度快速旋轉，帶動反應器里的固液兩相從底部向上作螺旋運動，一直達到反應器的上方，真正做到了*。*多肽合成儀的另一種方式是反應器在數控馬達的帶動下作上下180度的翻轉運動。固相和液相在運動過程中不斷從反應器的一端到達另一端再返回來。一般用這種儀器合成出來的肽純度是高的，且適合于擴大生產。
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