目前西藥研制體系的科學性是建立在明確的分子結構、手性、氨基酸序列等基礎上的。其臨床實驗結果難以動搖的優勢的基礎，是建立在一個確切的分子結構或形態 與靶目標之間明確對應關系。而中藥現代化所遇到的zui大困難，是中藥藥性和中醫藥理均來源于與此**的更高層次的復雜理論體系，所謂的天、地、人、 陰陽五行、經絡……其復雜程度是西藥體系難以想象的，因此試圖建立中藥與靶點之間的直接對應關系是一項極其艱苦的挑戰，往往中醫科學研究人員對此產生驚其 偉大又望山驚嘆的感覺。
    在中藥制備過程中，藥物的有效成分有無變化，藥物之間有無相互影響，各單味藥的藥理作用是相加還是相減，這些都是中醫中藥現代化必須要 考慮的問題。在煎煮過程中，受溫度、時間、各藥用量、藥物的質量、加入次序等因素的影響，各種成分的溶出或成分之間的相互作用，成分含量的增減或新復合物 的產生，都有可能發生。這種錯綜復雜的多因素的影響，所造成的成分復雜性和療效不確定性，給了許多對偉大的中國文化和中醫科學性進行無端的攻擊的理由。
    傳統中藥多為復方藥劑，從其理論來說，是所有成分對人體產生整體作用，以經絡、陰陽調和來改變機體狀況，達到其療效。對于這種復雜的協 同作用和各種成分產生的因人而異的有效生理作用，我們會在建立簡單的成分藥性藥效的確定性關系上存在巨大的困難，但作為中醫科學的研究人員依然仍不能放棄 中藥體系實證科學的臨床研究的努力?，F代藥物萃取手段，分析手段和強大的計算機數據處理能力，為中藥現代化奠定了必要基礎。國家相關管理部門，在資金投入 和項目監管上，應建立協同工作系統計劃，有一具體的中藥現代化整體工作管理目標。