微波萃取儀技術不僅僅用于了環境分析，在其他許多領域也得到了廣泛應用。微波萃取作為環境樣品前處理技術，不僅具有簡便快速、試劑用量少、回收率高、處理批量大等優點，而且實現了分析人員勞動強度小、實驗室環境保護和自動化控制，在環境分析中具有非常誘人的應用前景。

　　微波萃取機理的微波輻射過程是高頻電磁波穿透萃取介質，到達物料的內部維管束和腺胞系統。由于吸收微波能，細胞內部溫度迅速上升，使其細胞內部壓力超過細胞壁膨脹承受能力，細胞破裂。細胞內有效成分自由流出，在較低的溫度條件下萃取介質捕獲并溶解。通過進一步過濾和分離，便獲得萃取物料。另一方面，微波所產生的電磁場加速被萃取。部分成分向萃取溶劑界面擴散速率，用水作溶劑時，在微波場下，水分子高速轉動成為激發態，這是一種高能量不穩定狀態，或者水分子汽化，加強萃取組分的驅動力；或者水分子本身釋放能量回到基態，所釋放的能量傳遞給其他物質分子，加速其熱運動，縮短萃取組分的分子由物料內部擴散到萃取溶劑界面的時間，從而使萃取速率提高數倍，同時還降低了萃取溫度，大限度保證萃取的質量。

　　土壤和沉積物樣品含有大量必須被分析的有害物質，也是環境監測中*的重要內容。但土壤中殘留有機污染物的提取一直是分析工作的薄弱環節,主要原因是大多數有機物,特別是農藥與土壤有較強的耦合。實驗室中，分析人員試著將這些有害物質如殺蟲劑從固體中萃取出來，烴類污染物如總石油烴（TPHs），多環芳烴（PAHs），多氯聯苯（PCBs），含氯殺蟲劑以及含氮或含磷的化合物是土壤和沉積物中常被測定為污染物的物質。

　　環境中還存在著廣泛分布的砷，有機錫和有機汞等有害重金屬。這些化合物基質的分析是重要的環境監測。一種快速的微波處理過程以萃取3-硝基-4-羥基苯胂酸，它是一種取自動物組織的飼料添加劑。

　　相比之下水生環境是有機錫的富集區，它們在沉積物或是海洋生物中積累。微波加熱后，在水環境中（淡水和鹽水）主要分解為無機錫，但它們在異辛烷和甲醇中能存留較長，并可用透過乙酸酸化的乙醇將其從濕沉積物中快速、有效的萃取出來。