全自動多肽合成儀以固相合成為反應原理，在密閉的防爆玻璃反應器中使氨基酸按照已知順序不斷添加、反應、合成，操作zui終得到多肽載體。固相合成法，大大的減輕了每步產品提純的難度。為了防止副反應的發生，參加反應的氨基酸的側鏈都是保護的。羧基端是游離的，并且在反應之前必須活化。
多肽合成是一個重復添加氨基酸的過程，固相合成順序一般從C端（羧基端）向N端（氨基端）合成。過去的多肽合成是在溶液中進行的稱為液相合成法。經過不斷的改進和完善，固相法已成為多肽和蛋白質合成中的一個常用技術，表現出了經典液相合成法*的優點，從而大大的減輕了每步產品提純的難度。
多肽是一種與生物體內各種細胞功能都相關的生物活性物質，它的分子結構介于氨基酸和蛋白質之間，是由多種氨基酸按照一定的排列順序通過肽鍵結合而成的化合物。多肽是涉及生物體內各種細胞功能的生物活性物質的總稱，常常被應用于功能分析、抗體研究、尤其是藥物研發等領域。
多肽合成服務包括標準化學多肽合成、多肽修飾、多肽文庫以及重組多肽表達。逐步固相多肽合成能合成5-50aa的多肽，對于大于200aa的多肽，通過片段濃縮及連接技術來合成。
固相合成由于其合成方便，迅速，成為多肽合成的方法，而且帶來了多肽有機合成上的一次革命，并成為了一支獨立的學科—固相有機合成，固相合成的發明同時促進了肽合成的自動化。
液相合成基于將單個N-α保護氨基酸反復加到生長的氨基成份上，合成一步步地進行，通常從合成鏈的C端氨基酸開始，接著的單個氨基酸的連接通過用DCC，混合炭酐，或N-carboxy酐方法實現。
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